Plusieurs critères doivent être pris en considération pour choisir un traitement antiparasitaire approprié :

Le spectre d'action : il n'existe pas de molécules efficaces sur tous les types de vers, mais plusieurs molécules aux effets complémentaires peuvent être associées dans un même vermifuge pour obtenir un produit actif à la fois sur certains nématodes et certains cestodes (ils sont dits "polyvalents"). L'associations de 2 vermifuges permet également d'avoir un spectre d'action large.
Les conseils du vétérinaire permettent de choisir le traitement correspondant aux vers qui doivent être éliminés et de mettre en place un protocole de vermifugation (dose et fréquence d'administration).

La facilité d'utilisation : il existe de nombreuses présentations disponibles (comprimés, comprimés appétents, pâtes, etc.). Les protocoles sont mieux respectés si le nombre d'administration est faible et si le produit est facile à administrer : ça peut être par exemple, un comprimé de petite taille, facile à administrer dans une friandise, un produit ayant un goût agréable permettant une prise spontanée, un produit liquide en pipette à administrer en spot-on, etc.

Si plusieurs animaux sont présents dans un même lieu, il convient de les traiter simultanément afin de réduire le risque de recontamination rapide (en particulier pour les vers ronds et Dipylidium). L'élimination des puces est également une mesure indispensable pour prévenir les contaminations par Dipylidium.

La fréquence de vermifugation dépend de l’âge de l’animal :
il est généralement préconisé de vermifuger les chiots de moins de 2 mois tous les 15 jours, puis une fois par mois jusqu'à l'âge de 6 mois. Pour le chien adulte, de 2 à 4 vermifugations annuelles sont conseillées, en fonction des situations.
Des traitements antiparasitaires bien conduits des femelles reproductrices permettent de prévenir le risque de transmission direct de certains vers à leurs chiots ; le protocole dépend du produit utilisé.
Il est également souhaitable de pratiquer une vermifugation quelques semaines avant toute vaccination, une infestation massive pouvant avoir une incidence négative sur la réponse immunitaire.